1927년 에히메(愛媛) 현에서 태어났다. 마루야마 마사오(丸山眞男)의 문하에 들어가 정치사상사와 전후역사학을 잇는 마루야마 학파의 대표적 계승자이면서도 첨예한 문제의식과 비평력 면에선 스승을 능가한다는 평을 얻기도 했다. 도쿄대학 법학부를 졸업하고 호세이대학 법학부 교수로 재직했다. 1956년에 발표한 첫 논문 「천황제 국가의 지배원리」는 천황제 파시즘의 정신적 구조를 선명하게 분석한 전후사상사의 획기적 업적으로 평가된다. 1971년 교수직을 사임한 후 재야의 지식인으로 9년간의 ‘로닌(浪人) 생활’을 보낸 뒤 호세이대학에 복귀한다. 직장암과 폐렴으로 2003년 세상을 떠났다. ‘현대 일본 최후의 사상가’로도 일컬어진다. 주요 저서로는 『천황제 국가의 지배원리』, 『유신의 정신』, 『현대사 단장(斷章)』, 『전향의 사상사적 연구』, 『전체주의의 시대경험』, 『전후 정신의 경험』 등이 있고 이 외에도 구노 오사무(久野收), 쓰루미 슌스케(鶴見俊輔)와 좌담 형식으로 엮은 공저서 『전후 일본의 사상』과 저작의 대부분을 수록한 『후지타 쇼조 저작집』(전 10권)이 있다.