1951년 일본 교토에서 재일조선인 2세로 태어났다. 와세다대학 불문과 재학 중이던 1971년, ‘재일교포 유학생 간첩단 사건’으로 형 서승, 서준식이 구속되며 두 형의 구명 활동과 한국의 민주화를 위한 운동을 펼치기 시작했다. 이때의 체험과 사유는 이후 저술과 강연, 사회운동으로 이어졌다. 『소년의 눈물』로 1995년 일본에세이스트클럽상, 『시대의 증언자 쁘리모 레비를 찾아서』로 2000년 마르코폴로상을 받았고, 2012년에는 민주주의와 소수자 인권 신장에 기여한 공로로 후광 김대중학술상을 수상했다. 2000년부터 도쿄게이자이대학에서 현대법학부 교수로 재직하면서 인권론과 예술론을 강의하고 도서관장을 역임했으며 2021년 정년퇴직했다. 한국과 일본에서 동료와 후학 들이 그의 퇴임을 기념하는 문집과 대담집인 『서경식 다시 읽기 1』 『서경식 다시 읽기 2』를 펴냈다.